Une nouvelle publication présente, pour la première fois, les génomes séquencés et reconstruits de la sous-espèce historique Treponema pallidum, la bactérie responsable de la syphilis et de trois autres maladies connexes. Cela devrait d’aider à résoudre le mystère concernant l’origine de l’une des maladies les plus redoutées de l’humanité.

Image d’entête : une gouache du peintre anglais Richard Tennant Cooper (1912), représentant un homme dans une maison close, bientôt attrapé par la Syphilis.

La syphilis est une terrible maladie. Le pathogène, une bactérie en forme de tire-bouchon, est transmis sexuellement.

Treponema pallidum est une eubactérie spirochète responsable de la syphilis. (CDC/ Dr. David Cox)

Elle produit d’abord des pustules qui se transforment en ulcères, puis une série d’autres symptômes dans sa phase secondaire, notamment une éruption généralisée et disgracieuse de gravité variable.

A son troisième stade, qui peut apparaître de nombreuses années après l’infection initiale, elle peut produire des déformations grossières de la chair et des os, ou attaquer le système nerveux central ou le cœur. Elle peut se transmettre de la mère à l’enfant à naître.

La variété des symptômes que peut présenter la syphilis a fait en sorte que la maladie est connue sous le nom de “Grand Imitateur”, car elle peut se faire passer pour une foule d’autres maladies et elle est souvent mal diagnostiquée.

Mais il n’en a pas toujours été ainsi. La maladie sous sa forme moderne est une créature très différente de celle qui est apparue pour la première fois en Europe à la fin du XVe siècle.

En 1494, le roi français Charles VIII entra en Italie avec l’intention d’envahir la ville de Naples. La Cour italienne était endettée envers la papauté, et le pape Innocent VIII a convaincu Charles d’agir comme agent de recouvrement. Charles et ses 25 000 soldats sont entrés dans Rome et, comme le précise un document,  » pendant un mois… ils ont mené une vie de dépravation sans limites « . En février 1495, l’armée s’empare de Naples et se livre à ce que le célèbre historien médical anglais Roy Porter appelle « l’orgie habituelle du viol et du pillage ».

Bientôt, une nouvelle épidémie s’est déclarée. Les maux se résumaient par des plaies génitales et des pustules de la tête aux genoux qui rongeaient les os et engendraient des défigurations tumorales, ainsi que la chute de la chair du visage, érodant le nez et les lèvres. Comme vous vous en doutez, c’était atrocement douloureux et souvent fatal.

Une victime contemporaine, l’a décrite comme « une maladie si cruelle, si affligeante, si effroyable que jusqu’à présent rien d’aussi horrible, rien de plus terrible ou répugnant, n’a jamais été connu sur cette terre ». Grâce à l’invention récente de la presse pour l’imprimerie, la maladie a suscité beaucoup d’attention lorsque les médecins ont publié leurs récits, comme celui d’un médecin français en 1495 : « Si répugnante est l’apparence de tout le corps, si grande est l’agonie, surtout la nuit, que cette maladie dépasse l’horreur de la lèpre et de l’éléphantiasis et menace la vie d’un homme ».

Elle était aussi très virulente, comme un historien l’a noté, en 1495 la maladie a traversé les Alpes et en janvier 1496 elle a été signalée en France et en Suisse. En quelques mois, c’était partout en Hollande et en Allemagne. Il a pris l’Angleterre en 1497 et s’est dirigé vers l’Europe de l’Est en 1499.

Et les peuples d’Europe occidentale s’accusaient mutuellement de ce nouveau fléau. Les Français l’appelaient la  » maladie de Naples « , tandis que les Napolitains l’appelaient la  » gale française « . Les Néerlandais, les Danois, les Portugais et les peuples d’Afrique du Nord l’appelaient la  » maladie espagnole « , les Russes l’appelaient la  » maladie polonaise « , les Polonais l’appelaient la  » maladie allemande « , les Sibériens l’appelaient la  » maladie russe « , les Turcs l’appelaient la  » maladie chrétienne « , et les Italiens, les Allemands et les Britanniques l’appelaient tous la  » maladie française « . C’était toujours la faute à l’autre.

Bientôt, un nouveau nom est apparu : la variole.

Au fil du temps, les symptômes de la maladie se sont modifiés et, en 1546, elle avait évolué vers sa forme moderne, probablement parce que le Treponema pallidum a évolué pour garder son hôte en vie plus longtemps afin d’augmenter les taux d’infection.

En 1905, un parasitologue allemand a d’abord identifié la bactérie au microscope et, en 1943, des chercheurs ont découvert que la pénicilline pouvait traiter efficacement la maladie, mettant fin à la tyrannie de la variole.

Elle est passée inaperçue jusqu’à peu de temps après le retour de Christophe Colomb du Nouveau Monde, et beaucoup pensaient que c’était le prix à payer de cette conquête.

La découverte d’un nouveau traitement de la variole à base de l’écorce d’un arbre d’Amérique du Sud, a renforcé la notion que la syphilis venait du Nouveau Monde, “l’hypothèse (à l’époque) étant que Dieu a placé des remèdes près de l’origine des maladies, pour nous encourager à les chercher”.

Cependant, la science moderne est encore en train de débattre de l’origine exacte de la syphilis, avec deux théories dominantes : l’hypothèse colombienne et l’hypothèse précolombienne.

La première suggère que, outre les personnes, la culture, les plantes et les animaux, les maladies faisaient également partie des  » échanges colombiens « , les Européens introduisant la dysenterie, le paludisme et la variole dans le Nouveau Monde, et recevant la syphilis en guise de remerciement. Cela suggère que la syphilis est originaire du Nouveau Monde et qu’elle a été ramenée en Europe par Christophe Colomb.

L’hypothèse précolombienne soutient que la syphilis était déjà présente en Europe (et ailleurs) et a subi par coïncidence diverses mutations qui ont vu une augmentation de la virulence et de l’agressivité des symptômes à la fin du XVe siècle.

Les auteurs du présent document, dirigé par Johannes Krause du Max Planck Institute for the Science of Human History à Jena, en Allemagne, suggèrent qu’il existe des preuves génétiques et archéologiques appuyant ces deux hypothèses. Cela a donné lieu à d’intenses débats et à la permanence du mystère entourant les origines de la syphilis.

Une partie du problème est qu’il est presque impossible de distinguer les différentes maladies causées par la sous-espèce T. pallidum, connues sous le nom de  » maladies tréponémiques  » (Tréponématose).

Comme le précise une étude de l’université de médecine de Bucarest en 2014 :

Les quatre membres de la famille bactérienne ne peuvent être différenciés par des méthodes morphologiques, chimiques ou immunologiques. En outre, même chez les patients modernes atteints de syphilis à un stade avancé… la détection moléculaire de la bactérie est un défi.

Les preuves proviennent principalement de l’analyse des restes squelettiques de victimes historiques de tréponématose, ainsi que de l’étude des génomes tréponémiques modernes. Ce manque de preuves a fait de la reconstruction de l’histoire évolutionnaire de T. pallidum une tâche véritablement ardue.

Cependant, Krause et son équipe ont peut-être fait une découverte. Dans les années 1990, une fouille archéologique du site du couvent franciscain de Santa Isabel à Mexico a révélé les restes de 239 personnes. Krause et ses collègues ont découvert les restes de 5 d’entre eux qui présentaient des symptômes squelettiques d’infection à T. pallidum, dont trois ont été testés positifs à l’ADN tréponémique.

Les tréponématoses, comme la syphilis et le pian, peuvent laisser des lésions distinctes sur les os des personnes infectées, comme on peut le voir sur ces restes de nourrissons de l’ère coloniale mexicaine. (Krause et col./ PLOS Neglected Tropical Diseases 2018)

L’équipe a pu extraire cet ADN et, pour la première fois, séquencer et reconstruire trois génomes historiques de T. pallidum : deux de T. pallidum ssp. pallidum pallidum (responsable de la syphilis) et un de Treponema pallidum pertenue (responsable d’une maladie apparentée, le pian). Malheureusement, leurs conclusions indiquent que les différentes maladies tréponémiques présentent des symptômes remarquablement similaires dans les vestiges historiques, ce qui rend suspect la plupart des preuves dérivées de l’analyse du squelette.

Cependant, le fait même de récupérer et de séquencer cet ADN historique est une percée en soi.

Selon les chercheurs :

Notre étude démontre la possibilité de récupérer les génomes anciens de T. pallidum à partir de matériel archéologique,  et établit ainsi une nouvelle méthode qui pourrait grandement contribuer à découvrir le mystère concernant l’origine des maladies tréponémiques.

L’étude publiée dans PLOS Neglected Tropical Diseases : Historic Treponema pallidum genomes from Colonial Mexico retrieved from archaeological remains et présentée sur le site de l’université de Tübingen : First ancient syphilis genomes decoded.