Une jeune fille de 13 ans, morte il y a plus de 50 000 ans, n’a peut-être pas vécu longtemps sur cette planète, mais elle était en fait très spéciale. Des millénaires plus tard, un fragment de son squelette révèle qu’elle était le résultat de la première génération d’un accouplement entre deux espèces différentes d’hominidés.

Image d’entête : le fragment osseux (« Denisova 11 ») découvert en 2012 dans la grotte de Denisova en Russie par des archéologues russes. (T. Higham/ Université d’Oxford)

Sa mère était une Néandertalienne, et son père était un Dénisovien, a révélé le séquençage du génome. Ce petit morceau de sa dépouille représente donc une preuve directe que les deux espèces se sont croisées.

Selon Viviane Slon, généticienne à l’Institut Max Planck pour l’anthropologie évolutionnaire en Allemagne :

Nous savions par de précédentes études que les Néandertaliens et les Dénisoviens devaient parfois avoir des enfants ensemble.

Mais je n’aurais jamais pensé qu’on aurait la chance de trouver la progéniture des deux groupes.

L’existence des Dénisoviens n’a été découverte qu’en 2010, mais depuis, nous en avons appris de plus en plus sur eux. Les Néandertaliens et les Dénisoviens étaient probablement le même groupe à l’origine. Mais, il y a plus de 390 000 ans, ils se sont séparés et ont évolué en deux populations distinctes, mais étroitement liées.

Ils ont longtemps coexisté en Eurasie. Bien que les Dénisoviens ne soient connus que pour les os trouvés à un seul endroit, la grotte de Denisova en Sibérie (qui porte le nom d’un certain Denis), des restes néandertaliens y ont également été trouvés.

Vue de la vallée depuis le site archéologique de la grotte de Denisova en Russie. (B. Viola, MPI f. Anthropologie évolutionnaire)

Mais ça ne voulait pas dire qu’ils traînaient ensemble. La découverte de cette adolescente, nommée Denisova 11 (ou Denny, comme le surnomment les chercheurs), est donc une confirmation étonnamment solide que les deux groupes se connaissaient et interagissaient.

Denny n’est connu que par un petit fragment d’os, trouvé dans la grotte en 2012 par des archéologues russes. Sur la base d’une analyse de protéines, il a été confirmé qu’il s’agit d’un os homininoïde, et il a donc été transféré à l’Institut Max Planck pour des études plus approfondies. Là, les chercheurs ont analysé l’os et déterminé qu’il faisait probablement partie d’un tibia, d’un fémur ou d’un humérus. En se basant sur cette hypothèse, l’épaisseur corticale de l’os indique que Denny avait au moins 13 ans lorsqu’elle est morte, tandis que la datation au radiocarbone a déterminé le moment de sa mort à plus de 50 000 ans.

Ensuite, ils ont prélevé des échantillons d’ADN de l’os et ont séquencé le génome de Denny. Ils ont découvert son sexe et son inhabituelle filiation. Une mère néandertalienne et un père Dénisovien.

Selon le généticien Fabrizio Mafessoni de l’Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste :

Un aspect intéressant de ce génome est qu’il nous permet d’apprendre des choses sur deux populations, les Néandertaliens du côté de la mère et les Dénisoviens du côté du père.

L’ADN de Denny a révélé que sa mère était génétiquement plus proche d’une population de Néandertaliens qui avaient vécu en Europe occidentale que ceux qui avait vécu dans la grotte de Denisova à l’est quelque 20 000 ans plus tôt.

Cela indique que les Néandertaliens migraient à travers l’Europe des dizaines de milliers d’années avant de disparaître.

Mais la mère de Denny n’était pas la seule à avoir une histoire à raconter. L’ADN du père était aussi intéressant. D’après ce que les chercheurs ont pu glaner de l’os de Denny, il avait au moins un ancêtre néandertalien.

Selon le généticien Benjamin Vernot de l’Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste :

Ainsi, à partir de ce génome unique, nous sommes en mesure de détecter de multiples cas d’interactions entre Néandertaliens et Dénisoviens.

Ce qui est intéressant, c’est que les deux groupes sont restés génétiquement distincts, plutôt que de se mélanger pour former une seule espèce qui incorporait les deux. Selon les chercheurs, cela pourrait signifier que leurs zones de chevauchement étaient limitées, tant sur le plan temporel que géographique.

Jusqu’à présent, seuls quatre autres Dénisoviens ont été identifiés par analyse d’ADN. Denny est la cinquième et selon le généticien de l’évolution Svante Päääbo, directeur du département de génétique évolutionnaire à l’Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste et auteur principal de l’étude :

Il est frappant de trouver cet enfant de Néandertal/Dénisovien parmi la poignée d’individus anciens dont les génomes ont été séquencés.

Les Néandertaliens et les Dénisoviens n’ont peut-être pas eu beaucoup d’occasions de se rencontrer. Mais quand ils l’ont fait, ils ont dû s’accoupler fréquemment – beaucoup plus qu’on ne le pensait.

L’étude publiée dans Nature : The genome of the offspring of a Neanderthal mother and a Denisovan father et présentée sur le site de l’Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste : Neandertal mother, Denisovan father!