Sur les 17 nouvelles et rapide mutations du virus de la COVID-19

Une nouvelle variante du coronavirus a été mise en cause dans une vague croissante de cas de covid-19 dans le sud de l’Angleterre. La nouvelle version, qui est apparue en septembre, est maintenant à l’origine de la moitié des cas dans la région. Des chercheurs en génomique ont découvert que non seulement la variante présente de nombreuses mutations, mais que plusieurs des altérations génétiques devraient apporter des changements significatifs à la protéine en pointe du virus qui joue un rôle clé dans l’infection des cellules.

Image d’entête : rendu artistique des particules du virus SRAS-CoV-2 qui donne la COVID-19. (NIAID)

Le samedi 19 décembre, le Premier ministre britannique Boris Johnson a donné une conférence de presse télévisée au cours de laquelle il a annoncé de nouvelles restrictions de mouvement pour la période de Noël, ainsi qu’un verrouillage/ confinement total de Londres et du sud-est en réponse à la soudaine augmentation du nombre de cas.

Augmentation des taux de transmission de la COVID-19 au Royaume-Uni. (OurWorldInData)

Boris Johnson déclarait :

Il semble que la propagation soit maintenant alimentée par la nouvelle variante. Il semble qu’elle se transmette beaucoup plus facilement.

Ses experts, a déclaré M. Johnson, ont fait des calculs préliminaires selon lesquels la variante pourrait représenter une nouvelle souche jusqu’à 70% plus transmissible. Le résultat immédiat des commentaires du chef de file a été la panique. Bien qu’il n’y ait pas de preuve que la nouvelle souche soit plus mortelle. Dès dimanche, un certain nombre de pays européens, dont l’Italie, l’Irlande, l’Allemagne, la France et les Pays-Bas, limitaient les voyages au Royaume-Uni. L’Eurotunnel Royaume-Uni-France a fermé dimanche soir, la France ayant fermé ses frontières aux voyageurs du Royaume-Uni pendant 48 heures.

Au cours du week-end, les experts médicaux ont cherché à rassurer le public sur le fait que la variante du virus, appelée VUI – 202012/01 (pour « première variante à l’étude en décembre 2020 », “First variant under investigation in December 2020”), n’affecterait pas les efforts de vaccination, qui ont débuté au Royaume-Uni et aux États-Unis ce mois-ci. L’une des raisons est que le virus devrait changer considérablement pour « échapper » au vaccin actuel. Même si c’est le cas, les vaccins peuvent être adaptés pour suivre les agents pathogènes qui changent de forme, comme c’est le cas du vaccin annuel contre la grippe.

Dans ses déclarations publiques, M. Johnson relayait les conclusions d’un organisme d’experts conseillant son gouvernement, le New and Emerging Respiratory Virus Threats Advisory Group, dont l’évaluation était un peu moins alarmiste que la version du Premier ministre.

Le groupe d’experts a déclaré que le succès de la variante à se propager de manière exponentielle pendant une période de confinement national leur donnait une « confiance modérée » qu’elle « démontre une augmentation substantielle de la transmissibilité par rapport aux autres variantes ».

La situation pourrait s’avérer être une fausse alerte. Parfois, les variantes du virus semblent se propager plus facilement, mais en fait, elles sont propulsées par la chance, comme un événement de super propagation.

Des équipes britanniques, et certaines à l’étranger, tentent maintenant de réaliser les expériences de laboratoire nécessaires pour démontrer si la nouvelle variante infecte réellement plus facilement les cellules humaines, et si les vaccins l’arrêteront. Ces études impliqueront l’exposition de la nouvelle souche au plasma sanguin des survivants de la COVID-19 ou des personnes vaccinées, pour voir si leurs anticorps peuvent la bloquer.

Les virus subissent fréquemment des mutations ou de petites modifications de leur code génétique. Depuis le début de la pandémie, les scientifiques qui séquencent des échantillons du coronavirus suivent ces changements pour comprendre comment et où l’agent pathogène s’est propagé.

L’une des raisons pour lesquelles le virus muté a été repéré plus spécifiquement au Royaume-Uni pourrait être que ce pays a poursuivi une campagne “agressive” d’épidémiologie génomique. Par exemple, les laboratoires britanniques ont fourni 45 % des 275 000 séquences de coronavirus déposées dans la base de données mondiale du Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID), selon un rapport d’évaluation des menaces du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies.

Selon le COVID-19 Genomics Consortium UK, la coalition de laboratoires qui a procédé au séquençage des virus, la première apparition de la variante se trouve dans un échantillon prélevé le 20 septembre dans le Kent et un autre un jour plus tard à Londres.

Alors que des mutations du coronavirus sont constamment observées, la nouvelle variante a suscité des inquiétudes, car elle est apparue en même temps qu’une forte augmentation des cas dans le sud-est de l’Angleterre, où le taux d’infection a récemment quadruplé. Environ la moitié de ces cas se sont avérés être causés par la nouvelle variante.

Le code génétique de la variante a également attiré l’attention des scientifiques en raison de ses différences par rapport à la version originale. Selon une description préliminaire publiée par le COVID-19 Genomics Consortium UK (lien plus bas), la variante possède une signature génétique « distincte » comportant « un nombre inhabituellement élevé de modifications génétiques », en particulier dans sa protéine en pointe, qui sont plus susceptibles d’altérer sa fonction.

Guide visuel du coronavirus SARS-CoV-2, les protéines en pointes sont en jaune. (Scientific American)

Les mutations observées dans la nouvelle variante ont toutes été repérées précédemment, selon les commentaires mis en ligne par François Balloux, un biologiste informaticien de l’University College London, mais apparemment pas dans cette combinaison. Elles comprennent une mutation qui permet à la protéine en pointe de se lier plus efficacement aux cellules humaines, une autre liée à la résistance aux réponses immunitaires humaines et une troisième adjacente à une composante biologiquement critique de l’agent pathogène.

Au cours de cette pandémie, les variantes du virus qui se propagent ont eu tendance à présenter une ou deux nouvelles mutations par mois. Les scientifiques britanniques disent avoir été surpris de trouver une variante qui a accumulé un schéma unique de plus d’une douzaine de modifications de gènes importants, 17 au total, ce qui, selon eux, est un indice que la souche pourrait être le résultat d’une adaptation évolutive.

Dans le rapport préliminaire du groupe britannique, Andrew Rambaut, un biologiste de l’université d’Édimbourg, et ses collègues disent qu’ils pensent que la variante pourrait avoir évolué chez une personne immunodéprimée et qui a été infectée de façon chronique par le coronavirus. Ces personnes, dans certains cas, ont reçu plusieurs séries de traitements avec des anticorps et des médicaments antiviraux. Cela pourrait avoir permis la sélection des virus qui ont survécu à ces traitements.

Si le virus modifié est capable “d’échapper » à la réponse immunitaire habituelle, cela pourrait aussi expliquer pourquoi il se propage plus rapidement, puisqu’il toucherait aussi certains survivants de la COVID-19 et aurait donc plus d’hôtes à infecter. Selon les rapports scientifiques britanniques, quatre des quelque 1 000 personnes infectées par la nouvelle variante avaient auparavant la COVID-19, bien que les scientifiques n’aient pas pu dire si ce chiffre sortait de l’ordinaire.

Il ne serait pas totalement surprenant d’apprendre que le virus évolue suffisamment pour infecter des personnes une seconde fois, malgré l’immunité au germe d’origine. D’autres coronavirus, comme ceux qui provoquent le rhume, sont connus pour réinfecter fréquemment les humains, peut-être en raison de ce changement de forme.

Les virus peuvent également se transformer de manière significative s’ils s’installent dans une autre espèce, même les tigres des zoos peuvent attraper des coronavirus, puis revenir aux humains. C’est ce qui s’est passé au Danemark, qui a signalé cet automne la transmission du virus entre l’humain et le vison et vice-versa, une situation jugée si dangereuse que le pays a ordonné l’abattage de tous les visons des fermes à fourrure commerciales.

Le monde va maintenant apprendre s’il est possible d’empêcher la propagation de cette nouvelle variante. Cela ne sera pas facile. Les formes existantes de la COVID-19 se transmettent déjà rapidement malgré la distanciation sociale et les masques. Si la nouvelle variante se propage vraiment 70 % plus facilement, elle pourrait bientôt devenir la forme dominante de la maladie.

L’annonce du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies : Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom. Le rapport préliminaire et sa mise à jour du COVID-19 Genomics Consortium UK : Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations et COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interestReport 1.