Une représentation musicale du COVID-19
Il est difficile d’imaginer quelque chose d’artistique à propos du nouveau coronavirus qui a jusqu’à présent tué des dizaines de milliers de personnes dans le monde et qui en garde beaucoup d’autres en quarantaine chez elles. Mais certains croient que la musique est présente partout, y compris dans les virus.
Des chercheurs du Massachusetts Institute of Technology (MIT) ont transformé la séquence d’acides aminés et la structure de la protéine qui composent les pointes à la surface de l’agent pathogène COVID-19 en une partition musicale. C’est par ces pics que le virus se fixe dans les voies respiratoires et injecte son matériel génétique.
La représentation des données par le son est une technique appelée sonification. Bien que l’idée puisse sembler étrange, complexe, voire ésotérique, le processus est assez simple.
L’exemple le plus populaire de sonification est peut-être le célèbre compteur Geiger. Le concept d’un compteur Geiger est simple : plus les niveaux de radiation augmentent, plus le taux de clics augmente. La sonification est également appliquée à des ensembles de données plus complexes, comme les tremblements de terre, le rayonnement solaire, et même les collisions simulées de particules.
Dans le cas du SARS-CoV-2, chaque acide aminé a été converti en une note unique dans une gamme musicale, convertissant l’intégralité de la protéine qui compose les pics du virus en une composition musicale, rendue vivante par des cloches, des cordes (instrument japonais koto) et des flûtes.
Selon Markus Buehler, professeur d’ingénierie au MIT :
Bien que nous ne puissions pas voir les petits objets nanoscopiques comme les protéines ou autres molécules qui composent pratiquement toute la matière vivante, y compris nos cellules, nos tissus, ainsi que les agents pathogènes tels que les virus, notre algorithme de calcul nous permet de rendre audible sa manifestation matérielle. Cette pièce est une représentation musicale de la séquence d’acides aminés et de la structure de la protéine des pointes de l’agent pathogène COVID-19, 2019-nCoV.
Selon les chercheurs, il ne s’agit pas d’un simple projet artistique. Le coronavirus porte le nom des pointes en forme de couronne qui dépassent de sa surface. C’est par ces pics que le virus injecte du matériel génétique dans les cellules hôtes afin de se répliquer.
Les chercheurs espèrent que ce nouveau format de visualisation ou d’audition des protéines virales pourrait aider les scientifiques à trouver des sites où des anticorps ou des médicaments pourraient se lier au pic du coronavirus.
Certains pourraient trouver cette approche plus intuitive que d’autres méthodes conventionnelles d’étude des protéines, comme la modélisation moléculaire. Par exemple, la séquence sonique de la protéine du pic du coronavirus pourrait être passée dans une base de données d’autres protéines sonifiées afin de trouver des portes dérobées communes qui pourraient être transformées en médicament ou en vaccin.
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