Découverte de nouvelles espèces de souris aquatiques, cousines d’un des mammifères les plus rares au monde

Il y a près d’un siècle, des biologistes ont décrit un nouveau et étrange genre de souris, appelé Nilopegamys, qui vivait dans les cours d’eau éthiopiens, à partir d’un seul spécimen prélevé. A première vue, c’est l’un des rongeurs les mieux adaptés à la vie aquatique, avec une belle fourrure résistante à l’eau et des pattes relativement longues et larges. Aucun autre spécimen n’a été repéré depuis lors, et les scientifiques craignent aujourd’hui qu’elle ne soit éteinte.

Image d’entête : illustration d’une des nouvelles espèces de souris aquatiques, Colomys lumumbai, pataugeant dans un ruisseau pour chasser. (Velizar Simeonovski/ Musée Field)

Mais, dans une nouvelle étude, un groupe international de scientifiques dirigé par des biologistes du musée Field de Chicago affirme avoir identifié deux nouvelles espèces appartenant à un genre apparenté de souris semi-aquatiques africaines, connu sous le nom de Colomys.

Selon Julian Kerbis Peterhans, conservateur adjoint au Negaunee Integrative Research Center du musée Field :

Nous nous sommes lancés dans cette étude pour comprendre les relations évolutives entre les deux genres de souris semi-aquatiques africaines. Il s’agit notamment du genre Nilopegamys, connu par un seul spécimen prélevé il y a près de 100 ans en Éthiopie, et du genre beaucoup plus répandu Colomys, principalement distribué dans le bassin du Congo mais avec des populations en Afrique de l’Est et de l’Ouest. Nous avons également cherché à déterminer s’il y avait une diversité non décrite au sein du genre Colomys (c’est-à-dire de nouvelles espèces).

Au cours des trois dernières décennies, Peterhans a effectué un difficile travail de terrain dans le bassin du Congo, un point chaud de biodiversité d’une étonnante richesse, en installant des pièges et en étudiant divers rongeurs. Dans leur nouvelle étude, Peterhans et ses collègues du musée Field, de l’université de Californie à San Diego, de la République démocratique du Congo et du Kenya, se sont concentrés sur les Nilopegamys et les Colomys.

La Nilopegamys, qui signifie « souris de la source du Nil », a été décrite à partir d’un seul spécimen en 1927, qui est conservé au Field Museum. La Colomys est active à l’état sauvage, mais reste insaisissable en raison de son habitat. Ces mignonnes souris utilisent leurs pattes allongées semblables à celles d’un kangourou pour patauger dans les ruisseaux peu profonds à la recherche d’insectes aquatiques comme les larves de phryganes.

Toujours selon Peterhans :

Le genre Colomys est assez rare dans les collections, car leur densité est faible par rapport aux souris terrestres plus traditionnelles. Les collectionneurs ne se rendent pas compte que les pièges doivent être placés à l’intérieur ou au bord des cours d’eau. Mais en supposant que leurs cours d’eau ne soient pas pollués et que la forêt reste intacte, ils ne seront pas menacés. Cependant, l’extraction de l’or et du coltan et la dégradation générale des forêts sont leurs principales menaces.

Malheureusement, le genre Nilopegamys pourrait être éteint car son habitat près du lac Tana en Ethiopie est complètement détérioré. La seule chance pour leur existence est d’étudier tout habitat intact le long du Nil Bleu en Ethiopie alors qu’il descend pour rencontrer le Nil Blanc au Soudan.

Afin d’attraper les souris Colomys, les chercheurs ont dû manœuvrer sur un terrain accidenté et marécageux, en se déplaçant souvent dans l’eau jusqu’à la taille. « Et il peut y avoir des pluies torrentielles dans les tropiques, alors parfois la moitié des pièges sont emportés, et il faut descendre la rivière pour essayer de les trouver », a déclaré Terry Demos, chercheur au Field Museum, un autre des auteurs de cette étude. Mais ce terrain humide était souvent le dernier de leurs soucis.

Selon Peterhans :

Les moments mémorables peuvent être horribles, délicieux et sont sans limite : évacuation médicale due à un manque d’oxygène (histoplasmose), enlèvement et meurtre de collègues congolais par les milices locales, randonnées de 3 à 4 jours dans la brousse pour trouver un habitat approprié à la collecte de spécimens, plaisir de travailler avec des collègues du pays d’accueil, une tasse de café chaud à 7 heures du matin après avoir vérifié les lignes de piégeage, traversée de la rivière Semliki avec un seul moteur hors-bord attaché aux canoës et des planches de bois supportant deux véhicules, la première fois la terreur d’entendre le cri de l’hyrax des arbres à la tombée de la nuit.

En utilisant des spécimens qu’ils ont recueillis lors de leur travail sur le terrain au Congo et ceux qui se trouvaient déjà dans les collections des musées, les chercheurs ont comparé les traits physiques des rongeurs et ont séquencé leur ADN.

Les spécimens de souris aquatiques étudiés ici, l’espèce déjà connue C. goslingi à gauche, et la nouvelle espèce C. lumumbai à droite. (Giarla et col./ Zoological Journal)

Ces analyses ont révélé deux nouvelles espèces qui n’avaient pas été décrites auparavant : Colomys lumumbai et C. wologizi, d’après le leader de l’indépendance congolaise Patrice Lumumba et les montagnes Wologizi du Liberia, respectivement. De plus, les données génétiques ont permis aux chercheurs de promouvoir la sous-espèce Colomys gosling eisentrauti des hauts plateaux de Bamenda au Cameroun au statut d’espèce à part entière (Colomys eisentrauti).

Et ce n’est pas tout. L’un des membres de l’équipe, Tom Giarla, qui est professeur adjoint de biologie au Siena College de New York, a également tenté de séquencer l’ADN du tissu séché du crâne du spécimen de Nilopegamys vieux de 93 ans. La préparation et le séquençage d’un ADN aussi vieux n’est pas une tâche aisée, mais l’expertise de Giarla a fait ses preuves.  Ces travaux ont montré que Nilopegamys est un genre frère de Colomys. En d’autres termes, les deux genres sont très proches.

Apprendre des choses aussi nouvelles sur les souris vivant dans les ruisseaux des forêts tropicales africaines n’est que la partie visible de l’iceberg. Ces régions abritent un large éventail d’espèces animales, dont beaucoup sont nouvelles pour la science. Mais en raison de l’habitat accidenté, des infrastructures médiocres et de l’instabilité politique, les scientifiques sont confrontés à de nombreux défis.

À l’ère de la pandémie COVID-19, ces efforts devraient être davantage soutenus. Le coronavirus est zoonotique, ce qui signifie qu’il a d’abord évolué dans une espèce animale avant de se propager à l’homme. C’est également le cas du virus Ebola et du VIH.

Toujours selon Peterhans :

Les forêts tropicales humides du bassin du Congo et des hautes terres environnantes sont d’incroyables points chauds de la diversité tropicale, mais sont également très menacées par la destruction de leur habitat. Nous soupçonnons fortement que de nombreuses nouvelles espèces attendent d’être découvertes, y compris les petits mammifères relativement bien connus. Sur la base de nos travaux à ce jour, des dizaines de nouvelles espèces de rongeurs attendent d’être découvertes, ainsi que de nombreuses espèces de chauves-souris, de musaraignes et d’autres petits mammifères. Ces découvertes sont essentielles pour une conservation éclairée des forêts tropicales du Congo.

En cette époque de changement climatique, de propagation des zoonoses et d’extinction massive à l’échelle mondiale, des études comme la nôtre sont primordiales. La biodiversité mondiale doit être documentée. Chaque espèce dispose d’une boîte à outils génétique unique pour lutter contre les maladies et interagir avec l’environnement et ses concurrents. Chaque espèce est également un canari dans les mines de charbon, témoignant de la vulnérabilité des climats et des habitats locaux. Il reste encore beaucoup à explorer en Afrique où le nombre d’espèces augmente considérablement malgré la grave dégradation des habitats. Les expéditions de cette année en Afrique ont été malheureusement reportées en raison de COVID ; chaque année compte.

L’étude publiée dans le Zoological Journal of the Linnean Society : Integrative taxonomy and phylogeography of Colomys and Nilopegamys (Rodentia: Murinae), semi-aquatic mice of Africa, with descriptions of two new species et présentée sur le site du Musée Field : New species of aquatic mice discovered, cousins of one of the world’s rarest mammals.