Deux anciennes populations de loups ont évolué pour devenir le meilleur ami de l’humain
Où et quand les chiens ont-ils été domestiqués par nos ancêtres ? C’est l’une des plus difficiles questions non résolues de la préhistoire humaine.
Nous savons que les races de chiens modernes sont issues du loup gris (Canis lupus) et qu’elles ont été domestiquées au cours de la dernière période glaciaire, il y a au moins 15 000 ans. Mais l’endroit exact où cela s’est produit, et si c’était en un seul ou plusieurs lieux, reste indéterminé.
Dans une nouvelle étude publiée cette semaine (lien plus bas), des chercheurs ont utilisé l’ADN d’anciens loups pour approfondir l’évolution des chiens et ils ont découvert que leurs ancêtres pouvaient être rattachés à deux populations différentes de loups.
Selon le coauteur de l’étude, le Dr Anders Bergström, chercheur au laboratoire de génomique ancienne de l’Institut Francis Crick, en Angleterre :
Grâce à ce projet, nous avons considérablement augmenté le nombre de génomes de loups anciens séquencés, ce qui nous a permis de créer une image détaillée de l’ascendance des loups au fil du temps, y compris à l’époque des origines du chien.
En essayant de replacer le chien dans ce tableau, nous avons découvert qu’il tire son ascendance d’au moins deux populations de loups distinctes, une source orientale qui a contribué à tous les chiens et une source distincte plus occidentale, qui a contribué à certains chiens.
Le loup gris est présent dans la majeure partie de l’hémisphère nord depuis quelques centaines de milliers d’années. Un groupe international de généticiens et d’archéologues a séquencé les génomes de 72 loups anciens excavés en Europe, en Sibérie et en Amérique du Nord.
Crâne de loup vieux de 32 000 ans provenant de Yakoutie, dont le génome a été séquencé à 12 reprises dans le cadre de l’étude. (Love Dalén)
Ils ont également utilisé les données des génomes de 68 loups modernes, de 169 chiens modernes et de 33 chiens anciens, de sorte que l’ensemble des données couvre les 100 000 dernières années.
En analysant ces génomes, l’équipe a découvert que les premiers chiens de Sibérie, d’Amérique, d’Asie de l’Est et d’Europe semblent avoir une origine unique et partagée à partir d’une espèce de loup d’Eurasie orientale. En revanche, les premiers chiens du Moyen-Orient, d’Afrique et d’Europe du Sud semblent avoir développé (en plus de l’espèce d’Eurasie orientale) jusqu’à la moitié de leur ascendance à partir d’une population distincte liée aux loups modernes d’Eurasie du Sud-Ouest.
“Dogor », un chiot loup de 18 000 ans provenant de Yakoutie, qui a été inclus dans l’étude. (Sergey Fedorov)
Ainsi, soit les loups ont été domestiqués plus d’une fois et les différentes populations se sont ensuite mélangées, soit la domestication n’a eu lieu qu’une seule fois (dans l’espèce d’Eurasie orientale) et ces premiers chiens se sont ensuite mélangés aux loups sauvages.
Comme les 72 anciens génomes de loups étudiés couvraient environ 30 000 générations, il a également été possible de remonter le temps et d’établir une chronologie de l’évolution de leur ADN au fil du temps.
Selon l’auteur principal, le Dr Pontus Skoglund, responsable du laboratoire de génomique ancienne à l’Institut Francis Crick :
C’est la première fois que des scientifiques suivent directement la sélection naturelle chez un grand animal sur une échelle de temps de 100 000 ans, en observant l’évolution en temps réel plutôt qu’en essayant de la reconstituer à partir de l’ADN d’aujourd’hui. Nous avons trouvé plusieurs cas où les mutations se sont propagées à l’ensemble de l’espèce du loup, ce qui était possible car l’espèce était très liée sur de grandes distances.
Cette connectivité est peut-être la raison pour laquelle les loups ont réussi à survivre à la période glaciaire alors que de nombreux autres grands carnivores ont disparu.
Les mutations d’un gène en particulier sont passées de très rares à présentes chez tous les loups sur une période d’environ 10 000 ans (il y a 30 000 à 40 000 ans) et sont toujours présentes chez tous les loups et les chiens aujourd’hui.
Les variantes affectent un gène appelé IFT88 sur le chromosome 25, qui est impliqué dans le développement des os dans la hanche et la mâchoire.
La propagation rapide de ces mutations dans la population pourrait être due à un changement dans les types de proies disponibles pendant la période glaciaire, donnant un avantage aux loups ayant une certaine forme de tête. Mais le gène pourrait également avoir d’autres fonctions inconnues chez les loups.
L’équipe poursuit sa recherche d’un ancien ancêtre proche du chien, dans l’espoir de révéler plus précisément où la domestication a probablement eu lieu. Elle se concentre maintenant sur les génomes d’autres endroits non inclus dans cette étude, notamment des régions plus méridionales.
L’étude publiée dans Nature : Grey wolf genomic history reveals a dual ancestry of dogs et présentée sur le site de l’Institut Francis Crick : Ice Age wolf DNA reveals dogs trace ancestry to two separate wolf populations.