Durant leur évolution, les humains ont toujours été accompagnés des bactéries intestinales qui composent leur microbiome
Lorsque les homo sapiens ont quitté l’Afrique, ils ont emporté avec eux de tout petits amis.
Une nouvelle étude (lien plus bas) révèle que ces mêmes amis, des bactéries intestinales, ont évolué, ou ce sont « co-diversifiés », à nos côtés au cours des 200 000 dernières années.
Outre le fait qu’elles nous permettent de mieux nous connaître, ces nouvelles recherches devraient également nous fournir davantage d’informations sur la manière de traiter les maladies liées aux microbiomes ou de créer de nouvelles thérapies.
L’étude (lien plus bas) a examiné les différences et les similitudes entre nos plus proches amis bactériens chez 1225 humains vivant dans le monde entier. L’équipe a trouvé 59 espèces bactériennes, et un archaeon (archées*), qui ont évolué en parallèle avec les humains.
*Les archées sont un domaine d’organismes unicellulaires, que l’on croyait à l’origine être des bactéries, mais que l’on sait aujourd’hui plus proches des eucaryotes, des organismes pluricellulaires comme nous.
Le microbiome intestinal humain contient des centaines d’espèces de bactéries, et bon nombre des espèces les plus importantes se retrouvent chez des personnes du monde entier, explique Andrew Moeller, biologiste évolutionniste à l’université Cornell (Etats-Unis), dans un article accompagnant l’étude.
Les communautés bactériennes intestinales ne sont pas des collections aléatoires de bactéries, mais le reflet des ascendances distinctes des populations humaines.
Cependant, au sein des espèces microbiennes, certaines souches peuvent présenter une remarquable diversité génétique entre des populations humaines spécifiques. On ne sait pas encore si cette diversité est le fruit d’une histoire évolutive commune entre les humains et leurs microbes.
Le microbiologiste Taichi Suzuki, de l’Institut Max Planck de biologie (Allemagne), et son équipe ont évalué 1225 personnes vivant au Gabon, au Vietnam et en Allemagne et ils ont découvert 60 souches microbiennes qui, entre et au sein des pays, ont une histoire évolutive indiquant une co-diversification.
Ces deux arbres phylogénétiques de participants humains (à gauche) et d’une espèce bactérienne (à droite) correspondent étroitement, ce qui indique qu’ils se sont probablement diversifiés ensemble au cours de l’évolution. (Suzuki et col. Science Volume 377)
L’équipe a également constaté que les espèces présentant la plus forte co-diversification semblent avoir également évolué de manière indépendante vers des caractéristiques telles que l’intolérance à l’oxygène et à la température et la réduction de leurs génomes, ce qui signifie qu’elles sont vraiment coincées avec nous, ce que l’on appelle également la dépendance à l’hôte (host dependency).
Selon l’équipe dans sa nouvelle étude :
La liste des problèmes de santé humaine liés au microbiome va de la malnutrition aux allergies et aux maladies cardiovasculaires.
La prise de conscience des différences de souches microbiennes intestinales entre les populations a déjà conduit à l’idée que les probiotiques destinés à traiter la malnutrition devraient être d’origine locale.
Le microbiome est une cible thérapeutique pour la médecine personnalisée, et nos résultats soulignent l’importance d’une approche spécifique à la population pour les thérapies basées sur le microbiome.
L’étude publiée dans Science : Codiversification of gut microbiota with humans et les chercheurs présentent leurs travaux dans un article de The Conversation : Humans evolved with their microbiomes – like genes, your gut microbes pass from one generation to the next.