La pandémie de COVID-19 a pris le monde entier au dépourvu, révélant à quel point nous sommes mal préparés à la propagation des virus zoonotiques (d’origines animales). Mais cela ne signifie pas que nous n’étions pas avertis. Il existe plus de 500 000 virus susceptibles de se transmettre à l’humain et, depuis des décennies, les scientifiques tirent la sonnette d’alarme sur le fait que l’activité humaine augmente le risque de propagation.

Selon une étude publiée début 2019, sinistrement prémonitoire :

Il est très probable que les futures épidémies de SRAS ou de coronavirus de type MERS proviennent de chauves-souris, et il y a une probabilité accrue que cela se produise en Chine.

…et ce n’est même pas la seule étude à être accompagnée de ce type d’avertissement.

Le reste, comme on dit, appartient à l’histoire. Jusqu’à présent, les preuves indiquent que le SRAS-CoV-2 est un “débordement” de la faune, le virus provenant de chauves-souris en Chine. Celles-ci vont chercher de la nourriture et ont de nombreuses rencontres avec d’autres animaux, comme les pangolins, les blaireaux, les cochons et bien d’autres. Finalement, le virus est passé à l’humain.

Le point positif de cette pandémie est que l’opinion publique soutient massivement les mesures destinées à contenir et à éviter de nouvelles épidémies, même s’il y a de fortes chances pour que ce soutien diminue à mesure que la menace imminente s’estompe. C’est dans cette optique que des chercheurs de l’université de Californie à Davis (UC Davis), ont publié une nouvelle application web appelée SpillOver issu de leur étude (lien plus bas), qui classe des centaines de virus sauvages en fonction de leur risque de propagation.

Selon Jonna Mazet, professeur d’épidémiologie et d’écologie des maladies à l’école de médecine vétérinaire de l’UC Davis :

Notre outil vise à classer les risques de propagation des virus récemment découverts. Malheureusement, le risque de nouvelles maladies et d’une autre épidémie ou pandémie résultant des comportements humains aux interfaces de transmission à haut risque est élevé si nous n’agissons pas maintenant. L’outil vous permet de créer une liste de surveillance personnalisée pour un pays ou un type de virus spécifique, etc. afin que nous puissions nous préparer à la prochaine épidémie et contribuer à l’arrêter avant qu’elle ne fasse des victimes humaines ou, au moins, à la contrôler à la source.

Primates, bétail et maison au Ghana. (Terra Kelly/ UC Davis)

Le classement se fonde sur des données recueillies auprès d’une myriade de sources, notamment les nouveaux virus détectés pour la première fois par PREDICT, un projet de l’Agence des États-Unis pour le développement international (USAID) lancé en 2009 et destiné à évaluer les menaces de pandémie émergentes. Des centaines de scientifiques et d’experts en santé publique ont déjà contribué à la base de données. Le crowdsourcing est toujours possible, car tout scientifique peut ajouter des données sur les virus existants ou évaluer le risque de nouveaux virus à l’aide de l’application « Rank Your Virus » de l’outil.

Chacun des 887 virus animaux compilés dans SpillOver, dont la plupart étaient nouveaux pour la science au moment de leur inclusion, a un score de risque. Ceux qui présentent le risque le plus élevé sont des virus zoonotiques connus qui se sont déjà propagés de la faune à l’homme. Par exemple, le SRAS CoV-2 qui est à l’origine de la COVID-19 se classe en deuxième position, entre les virus Lassa et Ebola.

Pourquoi le virus responsable du COVID est-il moins bien classé que Lassa, un virus qui provoque une fièvre hémorragique et ne tue que 5 000 personnes par an ? C’est parce qu’il manque encore des informations essentielles sur le SRAS-CoV-2, comme le nombre et l’aire de répartition de ses espèces hôtes, qui pourraient donner une image plus précise du risque de propagation de cette espèce de coronavirus.

Tout en haut de la liste, on trouve également des virus nouvellement identifiés qui n’ont pas encore débordé sur les humains, mais qui présentent néanmoins un risque plus élevé de devenir zoonotiques que certains virus connus. Sans surprise, beaucoup d’entre eux sont des coronavirus, dont un nouveau coronavirus provisoirement nommé PREDICT_CoV-35, qui se classe parmi les 20 premiers.

C’est dans l’identification de ces nouveaux virus qui ne sont pas encore passés des chauves-souris ou d’autres animaux à l’homme, mais qui ont le potentiel de le faire, que l’outil se révèle efficace. En mettant en évidence les virus les plus risqués, les experts peuvent alors mener des enquêtes plus approfondies et les autorités locales peuvent adopter des mesures d’urgence destinées à contenir toute fuite virale éventuelle vers l’homme.

Grâce à cet outil open-source, chacun peut comparer et opposer les virus inclus dans la liste. Vous pouvez également les filtrer en fonction de certains attributs, tels que l’espèce du virus, l’espèce hôte et le pays de la première détection. Des centaines de scientifiques ont déjà contribué à la base de données de SpillOver, et de nombreux autres sont invités à le faire. Plus les estimations du risque pour chaque virus sont précises, mieux nous pouvons ensuite hiérarchiser les efforts destinés à les contenir.

L’application web SpillOver issu de l’étude publiée dans The Proceedings of the National Academy of Sciences : Ranking the risk of animal-to-human spillover for newly discovered viruses et présentée sur le site de l’Université de Californie à Davis : Ranking Virus Spillover Risk.